Pobranie nerki jest zabiegiem bardzo bezpiecznym. Jakkolwiek, jest to operacja podczas której powikłania mogą się wydarzyć. Najczęstszą ich konsekwencją może być krwawienie, które może wymagać wykonania powtórnej, niewielkiej operacji. Światowe doniesienia wskazują, że ogólnie odsetek wszystkich powikłań wynosi około 5%. Wliczają w to również najbardziej błahe powikłania takie jak nieprawidłowości w gojeniu rany czy przedłużający się ból pooperacyjny. Jest to bardzo niewiele, porównując z ryzykiem najprostszych zabiegów, takich jak usunięcie wyrostka robaczkowego gdzie powikłania zdarzają się w około 7%. Należy dodać, że pobranie nerki od żywego dawcy wiąże się z dodatkowym obciążeniem dla chirurgów ze względu na swoją specyfikę: podstawowa zasada pracy lekarza „primum non nocere” nie pozwoliłaby wykonywać operacji u zdrowych ludzi, jeśli nie byłaby to operacja zupełnie bezpieczna.

Praktycznie wszystkie powikłania zdarzają się we wczesnym okresie pooperacyjnym. Jeśli chodzi o ryzyko odległe to powikłania praktycznie się nie zdarzają: jedyną możliwością jest wystąpienie przepukliny w miejscu operacji.