Są to białka znajdujące się na wszystkich komórkach, tkankach i narządach organizmu. Szczególnie silnie związane są one z białymi ciałkami krwi (limfocytami), czyli komórkami, które mają duże znaczenie dla procesów odrzucania przeszczepionych narządów.Dzięki HLA układ odpornościowy organizmu rozpoznaje przeszczepiony narząd np. nerkę jako „własny” lub „obcy”.Jeśli dawca i biorca posiadają identyczne antygeny HLA (np. bliźnięta, rzadziej rodzeństwo) to układ odpornościowy traktuje przeszczepioną nerkę jako „własną” i rzadko dochodzi do ostrego odrzucania przeszczepu. Podobieństwo w układzie HLA stanowi jedną z głównych zalet przeszczepu nerki od spokrewnionego (rodzinnego) dawcy.