Obecnie bardzo rzadko dochodzi do niewydolności przeszczepu nerki w przebiegu procesu ostrego odrzucania. W 80% przypadków proces ostrego odrzucania udaje się opanować stosowanym leczeniem przeciwodrzuceniowym. Najczęściej do niewydolności nerki przeszczepionej dochodzi jeśli proces ostrego odrzucania przebiega z zakrzepicą w drobnych naczyniach nerkowych. Jeżeli nie uda się opanować procesu ostrego odrzucania należy u pacjenta odstawić leczenie immunosupresyjne, a odrzuconą nerkę usunąć. Jeśli istnieją przeciwwskazania medyczne do zabiegu operacyjnego, można usunięcie nerki odroczyć o kilka dni.